A Pastoral da Juventude é uma organização formada por muitas lideranças jovens e adultos. É uma rede tecida de várias cores, mas que trabalha de forma muito articulada e relacionada.

No grupo de jovens
O grupo é a base da Pastoral da Juventude. É no grupo e pelo grupo que a Pastoral da Juventude acontece. Quando o grupo busca viver o processo de educação da fé, com base na metodologia proposta pela Pastoral da Juventude, atuar na comunidade, sendo evangelizador no próprio grupo e fora dele entre outros jovens, já está sendo e fazendo a Pastoral da Juventude.

Na Paróquia
A organização paroquial supõe a participação de todos os jovens e grupos de jovens em uma coordenação regular e dinâmica, que se expressam na Assembleia Paroquial ou Reunião Ampliada Paroquial e na Equipe Paroquial de Pastoral da Juventude, composta por coordenadores e assessores paroquiais advindos dos grupos de jovens, assim como do assessor referência na paróquia, podendo ser presbítero, religioso ou leigo.

A organização da PJ na paróquia ajuda a integrar os grupos de jovens e promove sua plena participação em suas estruturas organizativas, por meio de sua presença no Conselho Paroquial de Pastoral (CPP), em que os jovens são acolhidos e ouvidos e se integram com toda a comunidade paroquial.

Na Região Pastoral
Para conseguir uma melhor animação e maior eficácia no trabalho pastoral nas dioceses, as paróquias frequentemente se articulam em áreas pastorais. Nesses âmbitos reproduzem-se no nível correspondente as linhas básicas de organização que se apresentam no nível paroquial.

A reunião desta instância é convocada, normalmente para planejar, deliberar e avaliar as linhas e iniciativas comuns que nortearão a ação pastoral neste nível. A articulação mais comum é a formação de uma equipe com os coordenadores paroquiais ou delegados das equipes paroquiais, eleitos por um período previamente determinado.

Na Arquidiocese
A PJ Arquidiocesana é animada, normalmente, por duas pessoas de referência: um coordenador geral jovem e um assessor adulto. A Equipe Diocesana da PJ, contudo, é formada pelos representantes paroquiais ou das equipes de área, a depender da organização da Arquidiocese.

A equipe diocesana deve ser formada por pessoas com experiência pastoral, capacidade técnica, espírito de serviço, clareza de visão quanto à realidade arquidiocesana e à problemática dos jovens e condições para operacionalizar as opções assumidas, gerando iniciativas que estejam a serviço dos grupos, dos agentes de pastoral e dos jovens em geral. Sempre sem sintonia com a igreja local, em especial com o bispo e o assessor arquidiocesano.

A Assembleia Arquidiocesana da PJ é a instância mais ampla e representativa neste nível. É formada por delegados, em sua maioria, por jovens coordenadores, contando também com assessores, sendo ambos dos grupos de Pastoral da Juventude existentes na Arquidiocese.

A PJ deve estar inserida na organização da Arquidiocese e desenvolver sua ação tendo em conta as orientações e os planos pastorais da igreja local. Onde há conselho diocesano de pastoral e Setor Diocesano de Juventude, a PJ participa de suas organizações, articulações e atividades.

No Regional
As principais tarefas da Coordenação Regional da Pastoral da Juventude é garantir uma caminhada em conjunto das diferentes dioceses, realizar atividades conjuntas e garantir uma articulação da PJ com as diferentes instâncias nacionais.

A coordenação da PJ Regional é formada por jovens que fazem parte das coordenações diocesanas, acompanhadas por um assessor regional referencial, uma comissão regional de assessores e o bispo referencial.

A instância máxima da dimensão regional é a Assembleia Regional ou Reunião Ampliada Regional que define os rumos do trabalho neste espaço, como o Plano Regional de Ação, em consonância com o Plano Nacional da PJ.

No Brasil
A Coordenação Nacional da PJ é composta por um representante de cada dos 17 regionais da CNBB. A equipe de jovens tem como papel ser articuladora, animadora, elo de ligação da PJ dos regionais. É ela que pensa e encaminha as decisões da Secretaria Nacional da PJ, da Ampliada Nacional, os Encontros Nacionais e outras demandas.

A Secretaria Nacional da PJ é a referência para facilitar a comunicação com as coordenações, assessores, dioceses, regionais e parcerias. É um espaço de articulação e animação da caminhada da PJ no Brasil.

A Comissão Nacional da PJ é uma equipe responsável pela assessoria nacional da PJ e nela são distribuídas as tarefas e responsabilidade de acompanhamento de acordo com o perfil de cada integrante.